三个月大的狗狗通常没有完成全部疫苗免疫程序，此时粪便稀软，建议通过以下几个方式进行处理：一、如果狗狗没有呕吐，可以口服蒙脱石散止泻控制症状。二、建议将狗狗带到宠物医院进行粪便以及细小病毒的检查，确诊狗狗腹泻的原因。