三方协议不等同于劳动合同。劳动合同法规定，用人单位自用工之日起即与劳动者建立了劳动关系。建立劳动关系，应当订立书面的劳动合同。三方协议书只是毕业生、用人单位、学校三方之间签订的就业意向，不是劳动关系的法律文件，对劳动关系没有约束力。

其次，三方协议最大的特点是在毕业生和用人单位之间加了学校这一方。三方协议的签约须知中会标明若有一方变更协议，须征得另外两方的同意，有学校的监督，为了防止企业降低事先约定的工资待遇，保护毕业生的利益。

最后，三方协议中如果有违约金的相关条款，而协议又经过毕业生和用人单位的签字确认，那么这个条款是有效的。

法律依据：

《中华人民共和国劳动合同法》第七条

用人单位自用工之日起即与劳动者建立劳动关系。用人单位应当建立职工名册备查。